Bergantung kepada penyebab stomatitisnya, nystatin hanya diberikan jika penyebabnya adalah infeksi jamur. Peningkatan kebersihan mulut terutama setelah makan/minum susu sangat membantu untuk mengurangi infeksi jamur. Namun jika penyebabnya yang lain seperti tergigit, terbentur, trauma rekuren, atau terdapat permukaan gigi yang tajam maka perlu dihilangkan faktor penyebab utamanya.

Untuk menanggulangi ketidak nyamanannya, anak dapat diberikan makanan dengan suhu yang dingin sebelum makan berat, seperti buah dingin atau susu yang dibekukan.