Pengawasan klinis penggunaan lincomycin adalah monitoring efek samping, terutama pada pasien dengan pengobatan lincomycin jangka waktu lama. Pengawasan klinis termasuk pemeriksaan laboratorium darah rutin, seperti fungsi ginjal dan hati, untuk memantau adanya gangguan fungsi yang dapat berpengaruh pada perpanjangan waktu paruh lincomycin di serum.[2,8,18,19]

Selain itu, pemeriksaan hematologi rutin sebaiknya dilakukan untuk memantau gangguan hematopoesis seperti trombositopenia, agranulositosis, leukopenia, neutropenia dan eosinofilia.[2,8,18,19]

Pengawasan juga dilakukan untuk memantau efek samping kolitis dan Clostridium difficile associated diarrhea (CDAD). Gejala diare akibat efek samping tersebut umumnya muncul dalam 3−5 hari setelah terapi antibiotik, tetapi dapat pula terjadi hingga 10 minggu setelah penghentian terapi antibiotik. Gejala lain di antaranya demam, nyeri perut, anoreksia, dan fatigue.[2,8,18,19]