Patofisiologi perforasi intestinal atau perforasi usus diawali dengan adanya celah atau lubang pada dinding intestinal yang menyebabkan berpindahnya isi lumen usus ke dalam rongga abdomen. Kondisi tersebut akan menyebabkan munculnya bakteri pada rongga peritoneum dan menstimulasi keluarnya sel-sel inflamasi akut. Omentum dan organ visera yang ada disekitar intestinal yang mengalami inflamasi, akan melokalisir daerah tersebut agar tidak terjadi penyebaran.[1,2]

Perforasi yang menembus rongga peritoneum akan menyebabkan peritonitis. Pada kasus peritonitis terjadi proliferasi bakterial, edema jaringan, dan dalam waktu singkat terjadi eksudasi cairan. Cairan dalam rongga peritoneal menjadi keruh dengan peningkatan jumlah protein, sel darah putih, debris seluler, dan darah. Apabila tidak segera ditangani akan menyebabkan bakteremia dan sepsis, mengakibatkan kegagalan multi organ, syok, hingga mengancam nyawa.[1,2]

Terdapat 4 mekanisme yang dapat menyebabkan terjadinya perforasi usus, yaitu proses iskemia, infeksi, erosi, atau trauma.[1,2]