Pedoman klinis urinalisis adalah sebisa mungkin menggunakan cara pengambilan sampel clean catch non-invasif, yakni dengan berkemih spontan atau spontaneous voiding. Apabila tidak memungkinkan, maka sampel urin bisa diambil dengan menggunakan kateter atau aspirasi suprapubik.

Urinalisis sebaiknya dilakukan 2 hingga 4 jam pasca pengambilan spesimen untuk menghindari kemungkinan hasil positif maupun negatif palsu. Apabila pengiriman sampel harus ditunda, spesimen urin harus disimpan pada suhu 4°C selama tidak lebih dari 24 jam. Urin yang diambil dengan metode aspirasi suprapubik harus langsung dikirim ke laboratorium, karena penundaan dapat menyebabkan bakteri dalam urin berkembang.

Lakukan anamnesis dan pemeriksaan fisik yang menyeluruh sebelum menginterpretasikan hasil urinalisis. Sebagai contoh, pasien yang sedang menstruasi dapat menyebabkan kontaminasi darah pada urinalisis yang mengesankan adanya hematuria.