Patofisiologi prostatitis melibatkan reaksi inflamasi pada kelenjar prostat yang dapat disebabkan oleh infeksi bakteri maupun oleh penyebab nonbakteri. Inflamasi ini akan menyebabkan terjadinya pembesaran kelenjar prostat yang kemudian menekan uretra dan mengganggu proses berkemih.

Pada prostatitis bakterial, infeksi dapat berasal dari transmisi seksual, tetapi dapat pula berasal dari penyebaran hematogenik, limfatik, atau dari lokasi yang berdekatan. Sumber patogen prostatitis bakterial dapat berasal dari refluks urine intraprostatik, infeksi asenden uretral, penyebaran limfatik dari rektum, atau penyebaran secara hematogenik. Refluks urine merupakan penyebab utama terjadinya prostatitis.

Pada prostatitis nonbakteri, patofisiologi berhubungan dengan disfungsi neuromuskular atau refluks urine ke saluran prostat. Selain itu, prostatitis nonbakteri juga dapat disebabkan oleh infeksi HIV. Pada orang dengan HIV, prostatitis viral umum terjadi dan penyebab utamanya adalah cytomegalovirus.[1-4]