Komplikasi skrining kanker serviks yang paling umum adalah rasa tidak nyaman saat prosedur pemeriksaan berlangsung. Proses insersi spekulum ke dalam vagina dan proses pengambilan sampel dari serviks dapat menyebabkan perdarahan minor. Selain itu, terdapat risiko infeksi setelah prosedur meskipun hal ini jarang terjadi.

Hal lain yang juga perlu diperhatikan pada skrining kanker serviks adalah pengambilan sampel, teknik fiksasi, dan teknik penyimpanan sampel yang tepat. Hal ini bermaksud untuk mencegah hasil yang didapat tidak akurat. Hasil yang keliru dapat memengaruhi keputusan intervensi medis yang diambil selanjutnya.[1]