Pengawasan klinis pada pemberian vaksin pertusis perlu dilakukan terhadap reaksi anafilaksis dan gangguan neurologis pada pemberian pertama. Jika terjadi reaksi ini, maka harus dilakukan dokumentasi, sehingga pemberian vaksin pertusis untuk kedepannya dapat dicegah.

Ensefalopati pasca pemberian vaksin yang mengandung pertusis perlu diperhatikan. Anak dapat mengalami gejala berupa koma, penurunan kesadaran, atau kejang yang berkepanjangan. Jika gangguan neurologis tersebut tidak dapat dijelaskan oleh penyebab lain dan terjadi dalam kurun waktu 7 hari pasca pemberian vaksin yang mengandung pertusis, maka sebaiknya vaksin pertusis tidak diberikan lagi kedepannya.[28]