• Kelainan pembentukan, migrasi, dan pertumbuhan kelenjar tiroid (disgenesis tiroid)
• Kelainan tahapan reaksi enzimatik yang melibatkan produksi dan pelepasan hormone tiroid (dishormonogenesis tiroid)
• Kelainan pembentukan atau fungsi hipotalamus dan hipofisis (hipotiroidisme sentral)[1,3]

Sedangkan hipotiroid kongenital transien disebabkan oleh beberapa zat, misalnya antibodi tiroid dan obat-obatan, yang melalui aliran darah ibu menembus plasenta masuk ke dalam darah janin. Zat-zat tersebut dapat menyebabkan gangguan pada aksis pituitari tiroid sehingga menyebabkan terganggunya pembentukan hormon tiroid. Seiring waktu setelah efek obat berkurang atau hilang, maka kondisi hipotiroid akan kembali normal.[1,3]

Selain kedua etiologi di atas, penelitian saat ini menyebutkan mutasi genetik dialami bayi dengan hipotiroid kongenital. Meskipun mekanismenya belum sepenuhnya diketahui, ditemukan mutasi pada delapan gen yang berhubungan dengan kejadian hipotiroid kongenital, yaitu gen TG, TPO, DUOX2, DUOXA2, SLC5A5, SLC26A4, IYD, dan TSHR.[3,4]

Faktor Risiko

Banyak faktor risiko yang berkontribusi pada terjadinya hipotiroid kongenital terdiri dari faktor genetik atau malformasi kongenital, dan faktor lingkungan terutama defisiensi iodium.

Berdasarkan hipotiroid kongenital transien dan permanen, maka faktor risiko dapat dibedakan seperti di bawah ini:

Hipotiroid Kongenital Transien

Faktor risiko dari ibu hamil adalah kekurangan atau kelebihan iodium, usia ibu hamil terlalu tua, dan penyakit tiroid autoimun ibu.[5-7]

Faktor risiko dari neonatus terdiri dari berat badan lahir rendah, bayi prematur, anak laki-laki, kelahiran kembar, intrauterine growth retardation, dan kelahiran sectio caesarea.[5-7]

Hipotiroid Kongenital Permanen

Faktor risiko defek kongenital atau disgenesis kelenjar tiroid antara lain jenis kelamin perempuan, riwayat keluarga dengan hipotiroid kongenital, lahir di daerah endemik hipotiroid, usia ibu hamil terlalu tua, dan etnik Kaukasia.[6,7]

Sedangkan faktor risiko dismorfogenesis kelenjar tiroid antara lain riwayat keluarga dengan hipotiroid kongenital  dan asal kedua orang tua dari daerah endemis hipotiroid.[5-7]