Patofisiologi hepatitis E melibatkan terjadinya infeksi virus hepatitis E, yang umumnya ditransmisikan secara fekal-oral. Masa inkubasi virus hepatitis E (HEV) adalah 2-10 minggu, dengan rata-rata 5-6 minggu.

Setelah ingesti HEV, virus diabsorpsi melalui mukosa gastrointestinal ke dalam sikulasi portal menuju hepar. Virus mengalami replikasi di dalam hepar dan menyebabkan perubahan morfologi hepar, sehingga memunculkan gejala dan tanda kolestatik dan hepatitis akut klasik. HEV diekskresikan ke feses yang kemudian dapat menginfeksi manusia lain secara waterborne.

Masa infeksius pasien belum dapat ditentukan secara pasti, namun virus dapat diekskresikan ke feses sejak 1 minggu sebelum onset sampai 4 minggu setelah onset. Pada pasien yang terinfeksi kronik, HEV dapat diekskresikan selama pasien tersebut terinfeksi.[1,2,5]