Komplikasi gastroskopi atau gastroscopy dapat disebabkan oleh prosedurnya sendiri atau oleh pemberian sedasi. Secara umum, persentase komplikasi pada prosedur gastroskopi sangat kecil, yaitu hanya <2%. Evaluasi pasien yang baik sebelum sedasi dan prosedur dapat mengurangi risiko komplikasi.

Komplikasi akibat sedasi dapat berupa gangguan kardiopulmonal, seperti hipoksemia, hipoventilasi, hipotensi, sumbatan jalan napas, aritmia, dan aspirasi.[1,8]

Sementara itu, komplikasi akibat prosedur gastroskopi sendiri dapat berupa infeksi (jarang), perdarahan saluran cerna (0,3%), duodenal hematoma, dan perforasi saluran cerna (<0,3%). Perdarahan dapat bermanifestasi sebagai hematemesis atau sekret berdarah yang keluar dari gastrostomy tube. Bila terjadi perforasi, tanda yang muncul umumnya adalah demam, takikardia, dan nyeri perut. Pada X-ray, tampak gambaran udara ekstralumen.[1,8]