Kontraindikasi utama gastroskopi atau gastroscopy adalah perforasi saluran cerna, peritonitis, dan kondisi megakolon toksik pada pasien yang tidak stabil. Sementara itu, kontraindikasi relatif adalah neutropenia berat, koagulopati, trombositopenia berat, risiko perforasi seperti pada pasien pasca operasi saluran cerna, dan aneurisma aorta.

Pada pasien dengan kontraindikasi relatif seperti risiko perforasi, koagulopati, serta aneurisma aorta, dokter perlu mempertimbangkan manfaat dan risiko tindakan dengan hati-hati. Tindakan sebaiknya hanya dilakukan jika manfaat yang akan didapat dinilai lebih besar daripada risiko.[1-3]