Komplikasi akibat pemeriksaan genitalia pria jarang terjadi. Pemeriksaan ini mudah, sederhana, dan tidak invasif,

Walaupun begitu, pemeriksaan fisik pada genitalia pria dapat menimbulkan rasa tidak nyaman pada pasien. Jelaskan prosedur yang akan dilakukan, minta persetujuan pasien sebelum pemeriksaan, dan lakukan pemeriksaan fisik dengan tenang untuk meminimalisir rasa tidak nyaman pasien.

Selain itu, pada berbagai kondisi klinis, misalnya torsio testis, pemeriksaan bisa menginduksi rasa nyeri.[2,3]