Kontraindikasi Fine Needle Aspiration Biopsy (FNAB) umumnya hanya kontraindikasi relatif, terutama pada jaringan superfisial. FNAB tidak disarankan dilakukan pada pasien yang tidak kooperatif.

Pada kelenjar tiroid, FNAB sebaiknya tidak dilakukan pada pasien yang tidak dapat menahan refleks batuk. Hal ini terkait risiko laserasi tiroid yang bisa disebabkan oleh jarum suntik. FNAB juga tidak disarankan pada kecurigaan terhadap hipertiroid atau tirotoksikosis, karena dapat menginduksi krisis tiroid.

Kontraindikasi pada beberapa tumor antara lain adalah tumor karotis. Tumor pada bifurcatio karotis dan parganglioma lainnya dapat menginduksi sinkop, hipertensi akut, dan perdarahan. Kista echinococcal juga sebaiknya tidak dilakukan FNAB karena rentan untuk terjadi ruptur kista dan reaksi anafilaksis, walaupun insidensinya jarang terjadi.