Komplikasi pemeriksaan kelenjar getah bening (KGB) adalah nyeri dan rasa tidak nyaman pada kasus tertentu, seperti limfadenitis. Akan tetapi, secara umum tidak ada komplikasi berbahaya pada pemeriksaan kelenjar getah bening. Pemeriksaan ini bersifat noninvasif, dan hanya mengandalkan jari pemeriksa saja.

Pada pasien yang mengalami limfadenitis, perabaan dapat menginduksi nyeri. Pasien juga bisa merasa tidak nyaman karena dokter melakukan palpasi pada tubuh, termasuk inguinal. Informed consent yang baik akan membuat pasien merasa lebih nyaman.[6–8]