Kontraindikasi pemeriksaan sistem motorik adalah fraktur tulang, sprain, maupun strain pada bagian tubuh yang hendak diperiksa. Pasien yang menolak pemeriksaan juga merupakan kontraindikasi.[9,10]

Gangguan kesadaran dengan Glasgow Coma Scale (GCS) <8 adalah kontraindikasi relatif. Pada pasien ini, sistem motorik hanya dapat dinilai secara inspeksi dan palpasi. Pemeriksaan sistem motorik membutuhkan kerja sama pasien untuk melakukan posisi dan gerakan tertentu. Untuk mencegah penolakan dan ketidaknyamanan pasien saat pemeriksaan, pemeriksa harus menjelaskan dengan baik kepada pasien apakah tujuan pemeriksaan ini.[9,10]