Komplikasi serius jarang terjadi pada dark field microscopic examination atau pemeriksaan mikroskop lapangan gelap. Salah satu potensi komplikasi adalah kesalahan interpretasi gambar akibat kelebihan kontras atau penekanan pada detail tertentu, yang dapat mengakibatkan penafsiran yang tidak akurat dari objek yang diamati.

Selain itu, jika peralatan disetel dengan kurang baik atau terdapat kegagalan dalam pengaturan kondensor, gambar mungkin menjadi tidak jelas atau sulit dilihat. Komplikasi juga bisa muncul berkaitan dengan prosedur pengambilan sampel invasif, seperti nyeri, hematoma, cedera saraf, dan infeksi akibat phlebotomy jika sampel darah diperlukan.[1,10]