Tidak ada kontraindikasi khusus untuk dark field microscopic examination atau pemeriksaan mikroskop lapangan gelap. Kontraindikasi mungkin lebih berkaitan dengan pengambilan sampel yang menggunakan cara invasif seperti phlebotomy.

Phlebotomy tidak dilakukan pada bagian tubuh yang mengalami selulitis, abses, fibrosis vena, hematoma, vascular shunt/graft, atau terpasang akses vaskular lainnya. Phlebotomy dilakukan pada vena lain tanpa kontraindikasi tersebut.

Penggunaan mikroskop lapangan gelap juga tidak dianjurkan untuk sampel yang sudah memiliki kontras alami yang tinggi, seperti jaringan yang sudah diwarnai dengan zat pewarna khusus atau bahan-bahan yang sudah memiliki kontras yang cukup jelas.