Komplikasi yang dapat terjadi pada prosedur timpanoplasti antara lain seperti rekurensi perforasi membran timpani, infeksi, kondroitis, trauma nervus korda timpani, retraksi membran timpani, pembentukan kolesteatoma, tuli konduksi menetap atau memberat, tuli sensorineural, stenosis meatus auditori eksternal, dan disgeusia.

Insisi post-auricular berisiko untuk memicu terjadinya hematoma, sehingga pressure dressing pada mastoid direkomendasikan pada malam pertama pascaoperasi. Kegagalan grafting dapat terjadi karena infeksi, kegagalan menempatkan graft secara aman di lokasi yang tepat, kesalahan teknik, kegagalan mengatasi penyakit telinga tengah dan mastoid, serta keberadaan kolesteatoma yang tidak terdeteksi.[1,2]