Walaupun jarang, komplikasi swab uretra dapat berupa rasa nyeri selama tindakan, trauma uretra, infeksi, hingga Peyronie disease. Pada proses pengambilan sampel, pasien dapat merasa nyeri dan tidak nyaman.

Terdapat sebuah laporan kasus Peyronie disease setelah tindakan swab uretra dilakukan. Pada kasus ini, alat swab dimasukkan lebih dalam dan dengan tekanan yang lebih kuat dari biasanya. Selama prosedur tindakan, pasien melaporkan rasa nyeri berat pada uretra dan penis, yang diikuti dengan uteroragia dan melengkungnya penis.[4]

Risiko komplikasi perlu disampaikan dengan jelas kepada pasien dan minta informed consent. Sampaikan juga bahwa pemeriksaan ini akan membantu penegakan diagnosis, seperti uretritis, prostatitis, klamidia, dan gonorrhea.[17]