Secara umum, tidak ada kontraindikasi absolut untuk kultur darah. Kultur darah perlu dilakukan dengan hati-hati pada pasien dengan risiko tinggi perdarahan, seperti pasien yang mengalami koagulopati berat atau trombositopenia parah, karena berisiko menyebabkan hematoma atau perdarahan yang sulit dikendalikan, terutama jika akses vena sentral atau arteri diperlukan.

Pada pasien dengan infeksi di tempat pengambilan darah, seperti abses kulit atau selulitis, kultur darah juga kurang disarankan karena terdapat risiko positif palsu. Selain itu, kultur darah tidak diperlukan pada kondisi di mana diagnosis dapat dicapai melalui metode lain yang lebih spesifik atau bila infeksi terlokalisasi tanpa dugaan bakteremia.

Kultur darah juga tidak dilakukan pada pasien yang tidak dapat menjalani pungsi vena dalam untuk pengambilan sampel kultur darah. Ini mencakup pengambilan sampel pada area yang terpasang infus, area dengan hematoma dan flebitis, area pada sisi mastektomi atau gangguan sistem limfatik lainnya, area yang terdampak radiasi atau cedera jaringan, serta area dengan shunt hemodialisis. Pungsi vena dilakukan pada area lain jika ada kontraindikasi tersebut.[4-6]