Kontraindikasi chorionic villus sampling (CVS) umumnya meliputi kondisi alloimunisasi maternal. Hal ini berkaitan dengan potensi timbulnya komplikasi penyakit hemolitik yang berat bagi janin. Selain itu, peringatan juga diberikan pada pasien yang mengonsumsi antikoagulan.

Pasien yang mengidap penyakit menular, seperti HIV dan hepatitis, harus diedukasi terkait risiko terjadinya transmisi penyakit secara vertikal yang disebabkan oleh prosedur pemeriksaan diagnostik prenatal. Tindakan ini juga sebaiknya tidak dilakukan jika posisi janin sulit dijangkau atau ada kelainan anatomi rahim, serta jika ada riwayat keguguran berulang. CVS juga sebaiknya tidak dilakukan jika usia kehamilan kurang dari 10 minggu, karena risiko cacat lahir lebih tinggi.[1]