Komplikasi CT scan thorax adalah eksposur radiasi dan reaksi alergi akibat media kontras, dan nefrotoksisitas.

Komplikasi CT scan thorax berupa peningkatan risiko kanker akibat paparan radiasi dapat terjadi karena pemeriksaan ini menggunakan radiasi pengion. Berdasarkan studi meta-analisa oleh Cao et al tahun 2022 pada lebih dari seratus sebelas juta pasien, ditemukan insiden kanker pada kelompok lifetime baseline risk (LBR) adlah 42,7/100000 untuk laki-laki dan 65,7/100000 untuk wanita. Angka insiden ini lebih rendah dibandingkan pada kelompok yang terkekspos dengan CT scan, yaitu 68,8/100000 untuk laki-laki dan 91,9/100000 untuk wanita.[15]

Oleh karena itu, pemeriksaan CT scan harus dipertimbangkan sebaik mungkin agar keuntungan yang didapatkan dari diagnosis yang akurat lebih besar dibandingkan dengan risiko yang ditimbulkan.