Patofisiologi kandidiasis mukokutan berhubungan dengan perubahan patologis spesies Candida, seperti Candida albicans, yang sebelumnya adalah flora normal pada manusia. Jamur ini berkoloni secara fisiologis pada kulit, membran mukosa saluran pencernaan, genitourinaria, dan saluran pernapasan. Selain itu, jamur ini juga hidup pada benda dan alam sekitar manusia.[1,4]

Jamur candida yang merupakan flora normal tubuh dapat berubah menjadi patogen pada individu dengan imunokompromais, seperti pada pasien HIV, tuberkulosis, atau lupus eritematosus sistemik dengan keadaan umum buruk. Selain itu, dapat juga terjadi pada  kehamilan, bayi, lansia, dan gangguan endokrin seperti diabetes mellitus.[4,5]

Faktor lingkungan seperti iklim, panas, dan kelembaban udara dapat menyebabkan meningkatnya produksi keringat dan menunjang perkembangan jamur di mukokutan. Sanitasi dan hygiene kulit host juga berperan penting. Kontak dengan penderita, misalnya pada thrush dan balanitis, melalui ciuman dan hubungan seksual dapat menyebabkan penularan.[4,5]