Pedoman klinis kolonoskopi adalah sebagai tindakan endoskopi diagnostik atau terapeutik pada rektum, kolon, dan sebagian ileum terminal. Tindakan ini relatif aman dan jarang menimbulkan komplikasi. Pada pasien berisiko, misalnya mereka yang memiliki riwayat tindakan bedah abdomen, dapat terjadi perforasi kolon ataupun perdarahan hebat. Seleksi pasien sebelum tindakan dan pelaksanaan prosedur yang sesuai akan menurunkan risiko munculnya komplikasi.

Sebelum melakukan kolonoskopi, pasien diedukasi mengenai restriksi diet. Selain itu, perlu dilakukan bowel preparation dengan polyethylene glycol (PEG). Persiapan pasien yang adekuat ini akan meningkatkan kualitas tindakan kolonoskopi dan memastikan visualisasi adekuat selama tindakan.

Saat melakukan kolonoskopi, dokter perlu mengevaluasi adanya abnormalitas pada lumen dan mukosa kolon. Jika diperlukan, biopsi dan tindakan terapeutik dapat langsung dilakukan. Contoh tindakan terapeutik ini adalah polipektomi, hemostasis endoskopik, dilasi striktur, pemasangan stent, ataupun pengambilan benda asing.