Buccal swab umumnya tidak menyebabkan komplikasi karena tindakan ini bersifat noninvasif dan aman. Namun, adanya kontaminasi patogen lain dalam rongga mulut, misalnya bakteri Streptococcus parasanguinis, dapat mengganggu interpretasi hasil.

Sebelum dokter melakukan tindakan, ada baiknya dokter menanyakan riwayat penyakit mulut pasien. Jika buccal swab dilakukan untuk pemeriksaan genetik, pasien sebaiknya tidak sedang mengalami penyakit rongga mulut yang bisa mengganggu analisis DNA yang didapatkan. Isolasi DNA dari buccal swab bisa dipakai untuk deteksi penyakit genetik seperti penyakit Celiac atau untuk keperluan forensik[9,10]