Buccal swab tidak memiliki kontraindikasi absolut karena prosedurnya bersifat aman dan noninvasif. Namun, adanya inflamasi atau infeksi rongga mulut dapat memengaruhi jumlah sel dalam sampel. Bila tindakan dilakukan untuk pemeriksaan genetik, pasien sebaiknya tidak sedang mengalami penyakit rongga mulut karena bisa memengaruhi hasil analisis DNA yang didapatkan.

Sebelum melakukan tindakan, dokter perlu meminta informed consent dari pasien atau wali terlebih dahulu. Bila pasien atau wali telah menyetujui, buccal swab dapat mulai dilakukan. Tindakan ini umumnya bisa dilakukan dengan mudah dan cepat.[9,10]