Trabekulotomi dikontraindikasikan pada pasien no light perception (NLP) pada pemeriksaan visus, hipertensi okuli, serta risiko rendah untuk mengalami kehilangan visus. Secara umum, kontraindikasi prosedur trabekulotomi adalah pasien dengan kontraindikasi terhadap agen anestesi dan operasi okular secara umum. Kontraindikasi yang lebih spesifik untuk trabekulotomi adalah:

• Kelainan sudut filtrasi (sudut antara kornea dan iris di kamera okuli anterior tempat keluar aqueous humor) derajat berat
• Pasien anak dengan keadaan umum yang tidak stabil dan memiliki risiko anestesi yang tinggi

• Glaukoma sekunder dari reaksi inflamasi seperti uveitic glaucoma dan neovascular glaucoma

• Glaukoma dengan afakia dan instabilitas lensa intraokular
• Glaukoma yang disertai dengan kolapsnya vitreus ke kamera okuli anterior
• Pasien dalam terapi antikoagulan, seperti aspirin dan clopidogrel, atau mereka dengan gangguan koagulasi
• Glaukoma sudut tertutup[3,6,8]