Komplikasi Pap smear yang paling umum adalah rasa tidak nyaman saat prosedur pemeriksaan berlangsung. Dapat terjadi perdarahan minor dan infeksi setelah pemeriksaan, tetapi hal ini jarang terjadi.[4]

Sebuah penelitian yang dilakukan di Amerika Serikat dan Belanda pada tahun 2007 menunjukkan bahwa komplikasi pemeriksaan Pap smear hari berupa nyeri perut bagian bawah, rasa tidak nyaman saat berkemih, tidak enak badan, rasa lemah, dan nyeri saat berhubungan seksual (dispareunia) selama 2-7 hari. Setelah hasil pemeriksaan didapatkan abnormal, terdapat komplikasi berupa rasa cemas yang dirasakan selama kurang lebih 12 minggu.[11]