Trakeostomi tidak memiliki kontraindikasi absolut karena sering kali memiliki manfaat yang lebih besar daripada risikonya. Pasien yang mengalami obstruksi jalan napas atas, terutama yang tidak dapat diintubasi, sangat membutuhkan trakeostomi agar tidak mengalami kematian akibat anoksia.[3,6,7]

Kontraindikasi relatif trakeostomi secara umum adalah karsinoma laring. Pada kasus karsinoma laring, manipulasi kanker sebelum laringektomi tidak disarankan karena dapat meningkatkan insidensi rekurensi stomal.[6]

Pada trakeostomi perkutan, terdapat juga beberapa kontraindikasi relatif lain, contohnya kebutuhan airway emergency (segera), infeksi di bagian anterior leher, koagulopati, anatomi leher/trakea sulit diperiksa karena obesitas morbid, gerakan leher terbatas, cedera servikal, pasien anak-anak, dan adanya kondisi patologis pada kelenjar tiroid atau trakea.[5,6,8]