Kontraindikasi penggunaan peak flow meter adalah pasien dengan gagal napas berat dan tidak mampu melakukan inspirasi penuh. Pasien ini umumnya tidak bisa melakukan pemeriksaan peak flow meter dan apabila dipaksa melakukan maka berisiko semakin memperburuk pernapasan.[6,7]

Kontraindikasi relatif lain terkait pemeriksaan fungsi pernapasan secara umum adalah:

• Hemoptisis yang tidak diketahui penyebabnya
• Pneumothoraks
• Fungsi kardiovaskular tidak stabil (ekspirasi paksa dapat memperburuk angina atau mengubah tekanan darah)

• Aneurisma thoraks, abdomen, atau cerebral

• Operasi mata yang baru terjadi
• Adanya kondisi medis yang mengganggu pemeriksaan (misalnya mual muntah)
• Operasi thoraks atau abdomen yang baru terjadi[8]