Kontraindikasi transthoracic needle aspiration (TTNA) yang utama adalah gangguan pembekuan darah. Oleh karena itu, pemeriksaan jumlah trombosit, prothrombin time (PT), activated partial thromboplastin time (aPTT), dan/atau international normalized ratio (INR) harus dilakukan sebelum prosedur TTNA. Adanya gangguan pembekuan darah akan menjadi salah satu kontraindikasi absolut TTNA.[2-4]

Kontraindikasi relatif TTNA adalah hipertensi pulmonal, penyakit emfisematosa, dan penyakit paru obstruktif kronik. Bula besar pada jalur biopsi berpotensi menimbulkan komplikasi pneumothorax pascaprosedur.

Pasien yang tidak kooperatif juga menjadi kontraindikasi TTNA karena untuk menjalani tindakan ini, pasien harus bisa berbaring diam, menahan napas, dan tetap berada pada posisi tengkurap. Hal ini dibutuhkan untuk meningkatkan keberhasilan tindakan. Karena alasan ini, pasien yang memiliki batuk yang terlalu keras atau sedang menggunakan ventilasi mekanik juga menjadi kontraindikasi.[2,7]