Patofisiologi terjadinya abses apendiks berhubungan dengan adanya perforasi apendiks.  Proses iskemia dinding apendiks akibat obstruksi apendiks pada kasus appendicitis, akan menyebabkan terjadinya perforasi apendiks. Perforasi apendiks dapat mengakibatkan peritonitis atau bila dapat terlokalisir akan menjadi abses apendiks.

Abses apendiks biasanya terlokalisir oleh karena adanya proses walling-off dari omentum dan adhesi usus atau organ di sekitarnya akibat inflamasi.  Pus pada abses apendiks biasanya mengandung campuran bakteri aerob dan anaerob yang berasal dari saluran cerna. [3-5]

Bakteri di rongga peritoneum, khususnya yang berasal dari kolon dan apendiks, merangsang masuknya sel-sel inflamasi akut. Omentum dan organ terdekat akan  cenderung melokalisir tempat perforasi.  Area yang sedang inflamasi ini dinamakan sebagai phlegmon dan ditandai dengan adanya produksi pus.