Pengawasan klinis penggunaan modafinil perlu dilakukan untuk memantau efek terapi seperti derajat kantuk dan untuk memantau efek samping seperti interaksi obat. Penilaian derajat kantuk harus dilakukan berkala terutama pada pasien dengan tingkat rasa kantuk yang abnormal.

Pada pasien yang memiliki riwayat penyakit jantung harus dilakukan pemantauan EKG dan gejala seperti nyeri dada atau aritmia. Apabila penggunaan modafinil bersama dengan obat yang menjadi substrat enzim CYP3A4 dan CYP2C19, maka pasien perlu diawasi untuk kemungkinan terjadinya interaksi obat.[1,7,19]