Sementara, karies juga dapat secara tidak langsung menyebabkan impaksi gigi. Karies gigi adalah kerusakan enamel dan dentin oleh infeksi bakteri dan menyebabkan jejas pada gigi. Jika karies gigi tidak dirawat, maka akan menjadi sisa akar hingga harus dilakukan pencabutan.

Jika karies parah hingga menjadi sisa akar terjadi pada gigi susu, dan tidak dilakukan ekstraksi, maka dapat menghambat tumbuhnya gigi permanen jika sisa akar tidak teresorpsi dengan maksimal. Sementara, jika harus dicabut dan menimbulkan premature loss, maka juga akan mengganggu pertumbuhan gigi permanen yang bermuara pada impaksi gigi.[5–7]

Kista mulut merupakan benjolan berisi cairan yang terbentuk di dalam rongga mulut. Kista memiliki tepi jaringan patologis yang compact yang tampak tegas pada gambaran radiologis. Hal ini dapat menghalangi pertumbuhan gigi sehingga menimbulkan impaksi gigi.[5–7]

Hiperplasia jaringan juga dapat menyebabkan impaksi gigi. Hiperplasia jaringan terjadi ketika jaringan di sekitar gigi tumbuh secara berlebihan. Hal ini akan mengganggu pertumbuhan gigi sehingga menyebabkan terjadinya impaksi gigi.[5–7]

Sementara, faktor genetik memainkan peran penting dalam kondisi impaksi gigi. Karena ukuran rahang dan gigi sebagian besar dipengaruhi oleh genetik. Jika seseorang memiliki keturunan rahang kecil dan gigi besar di saat yang bersamaan, maka kemungkinan untuk mengalami impaksi gigi akan jauh meningkat karena ruangan untuk erupsi gigi tidak mencukupi.[5–7]

Jalur patofisiologis yang terakhir adalah gangguan endokrin. Gangguan endokrin seperti hipotiroid dapat menyebabkan gigi molar ketiga tumbuh lebih lambat, dan meningkatkan kemampuan untuk mengalami impaksi karena telah habis ruangan di dalam rahang untuk tempat erupsi gigi.[5–7]